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> 作者：K-Dense (@k_dense_ai) · 平台：X (Twitter) · 日期：2026-04-10

> 原始來源：https://x.com/k_dense_ai/status/2042365566007325072

## 中文摘要

K-Dense 推出 Scientific Agent Skills，134 個科學技能轉變 AI Agent 為研究助理。

K-Dense 團隊開發的「Scientific Agent Skills」（前稱 Claude Scientific Skills）已獲 17.8K GitHub stars、支援 150K+ 全球科學家，涵蓋 [K-Dense Web](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills)，相容 Cursor、Claude Code、Codex、Claude CoWork 等支援開放 [Agent Skills](https://agentskills.io/) 標準的 AI Agent。新版 [K-Dense BYOK](https://github.com/K-Dense-AI/k-dense-byok) 提供免費開源桌面 AI 共同科學家，使用者自帶 API keys、選擇 40+ 模型，包含完整研究 workspace、web search、檔案處理、100+ 科學資料庫及所有 134 個 skills，資料留本地，可選經 [Modal](https://modal.com/) 擴展雲端。[Get started here.](https://github.com/K-Dense-AI/k-dense-byok)。

**技能涵蓋領域**
Scientific Agent Skills 包含 134 個即用技能，跨生物、化學、醫學等領域，驅動 Agent 執行複雜多步驟科學工作流程。各技能提供 ✅ `SKILL.md` 完整文件、✅ 實務程式碼範例、✅ 使用案例與最佳實務、✅ 整合指南、✅ 參考資料。
- 🧬 **Bioinformatics & Genomics**（21+ skills）：序列分析（`BioPython`、`pysam`、`scikit-bio`、`BioServices`）；單細胞分析（`Scanpy`、`AnnData`、`scvi-tools`、`scVelo` RNA velocity、`Arboreto`、`Cellxgene Census`）；基因組工具（`gget`、`geniml`、`gtars`、`deepTools`、`FlowIO`、`Polars-Bio`、`Zarr`、`TileDB-VCF` 可擴展 VCF 資料庫）；差異表現（`PyDESeq2`）；系統發育（`ETE Toolkit`、`MAFFT`、`IQ-TREE 2`、`FastTree`）。
- 🧪 **Cheminformatics & Drug Discovery**（10+ skills）：分子操作（`RDKit`、`Datamol`、`Molfeat`）；深度學習（`DeepChem`、`TorchDrug`）；對接篩選（`DiffDock`）；分子動力學（`OpenMM` + `MDAnalysis` MD 模擬與軌跡分析）；雲端量子化學（`Rowan` pKa、對接、共同折疊）；藥物相似性（`MedChem`）；基準（`PyTDC`）。
- 🔬 **Proteomics & Mass Spectrometry**（2 skills）：光譜處理（`matchms`、`pyOpenMS`）。
- 🏥 **Clinical Research & Precision Medicine**（8+ skills）：臨床資料庫（`ClinicalTrials.gov`、`ClinVar`、`ClinPGx`、`COSMIC`、`FDA`、`cBioPortal`、`Monarch`）；癌症基因組（`DepMap` 癌症依賴分數、藥物敏感性）；癌症影像（`Imaging Data Commons` NCI 放射與病理資料集經 `idc-index`）；醫療 AI（`PyHealth`、`NeuroKit2`、`Clinical Decision Support`）；臨床文件（`Clinical Reports`、`Treatment Plans`）。
- 🖼️ **Medical Imaging & Digital Pathology**（3 skills）：DICOM 處理（`pydicom`）；全切片影像（`histolab`、`PathML`）。
- 🧠 **Neuroscience & Electrophysiology**（1 skill）：神經記錄（`Neuropixels-Analysis` 細胞外 spikes、矽探針、spike sorting）。
- 🤖 **Machine Learning & AI**（16+ skills）：深度學習（`PyTorch Lightning`、`Transformers`、`Stable Baselines3`、`PufferLib`）；經典 ML（`scikit-learn`、`scikit-survival`、`SHAP`）；時間序列（`aeon`、`TimesFM` Google 零樣本預測模型）；貝氏方法（`PyMC`）；優化（`PyMOO`）；圖 ML（`Torch Geometric`）；降維（`UMAP-learn`）；統計建模（`statsmodels`）。
- 🔮 **Materials Science & Chemistry**（7 skills）：材料（`Pymatgen`）；代謝建模（`COBRApy`）；天文（`Astropy`）；量子運算（`Cirq`、`PennyLane`、`Qiskit`、`QuTiP`）。
- ⚙️ **Engineering & Simulation**（4 skills）：數值運算（`MATLAB/Octave`）；計算流體動力（`FluidSim`）；離散事件模擬（`SimPy`）；符號數學（`SymPy`）。
- 📊 **Data Analysis & Visualization**（16+ skills）：視覺化（`Matplotlib`、`Seaborn`、`Scientific Visualization`）；地理空間（`GeoPandas`、`GeoMaster` 遙測、GIS、衛星影像、空間 ML、500+ 範例）；資料處理（`Dask`、`Polars`、`Vaex`）；網路分析（`NetworkX`）；文件處理（`Document Skills` PDF/DOCX/PPTX/XLSX）；資訊圖（`Infographics` AI 專業資訊圖生成）；圖表（`Markdown & Mermaid Writing` 文字圖表）；EDA 與統計工作流程。
- 🧪 **Laboratory Automation**（4 skills）：液體處理（`PyLabRobot`）；雲端實驗室（`Ginkgo Cloud Lab` 無細胞蛋白表現、螢光像素藝術經自主 RAC）；協議管理（`Protocols.io`）；LIMS 整合（`Benchling`、`LabArchives`）。
- 🔬 **Multi-omics & Systems Biology**（4+ skills）：途徑分析（`KEGG`、`Reactome`、`STRING`、`PrimeKG`）；多組學（`HypoGeniC`）；資料管理（`LaminDB`）。
- 🧬 **Protein Engineering & Design**（3 skills）：蛋白語言模型（`ESM`）；糖基工程（`Glycoengineering` N/O-糖基化預測、治療抗體優化）；雲端實驗室（`Adaptyv` 自動蛋白測試驗證）。
- 📚 **Scientific Communication**（20+ skills）：文獻（`Paper Lookup` PubMed/PMC/bioRxiv/medRxiv/arXiv/OpenAlex/Crossref/Semantic Scholar/CORE/Unpaywall、`Literature Review`）；進階搜尋（`BGPT Paper Search` 25+ 結構欄位如方法、結果、樣本大小、品質分數，從全文而非摘要）；網路搜尋（`Perplexity Search` AI 即時搜尋、`Parallel Web` 合成摘要帶引用）；研究筆記本（`Open Notebook` 自架 NotebookLM 替代，支援 PDF/影片/音訊/網頁、16+ AI 提供者、多說話者播客生成）；寫作（`Scientific Writing`、`Peer Review`）；文件（`XLSX`、`MarkItDown`、`Document Skills`）；出版（`Venue Templates`）；簡報（`Scientific Slides`、`LaTeX Posters`、`PPTX Posters`）；圖示（`Scientific Schematics`、`Markdown & Mermaid Writing`）；資訊圖（`Infographics` 10 類型、8 風格、色盲安全調色盤）；引用（`Citation Management`）；插圖（`Generate Image` AI 影像生成經 `FLUX.2 Pro`、`Gemini 3 Pro` Nano Banana Pro）。
- 🎓 **Research Methodology**（12+ skills）：構想（`Scientific Brainstorming`、`Hypothesis Generation`）；批判（`Scientific Critical Thinking`、`Scholar Evaluation`）；情境（`What-If Oracle` 多分支可能性、風險、策略）；多視角（`Consciousness Council` 專家觀點、魔鬼代言人）；認知剖析（`DHDNA Profiler` 文字思考模式）；資金（`Research Grants`）；發現（`Research Lookup`、`Paper Lookup` 10 學術資料庫）；市場（`Market Research Reports`）。
- **Regulatory**（1 skill）：醫療裝置（`ISO 13485 Certification`）。

**資料庫與工具整合**
統一 `Database Lookup` 技能存取 **78 個公開資料庫**（`PubChem`、`ChEMBL`、`UniProt`、`COSMIC`、`ClinicalTrials.gov`、`FRED`、`USPTO` 等），加上專用技能如 `DepMap`、`Imaging Data Commons`、`PrimeKG`、`U.S. Treasury Fiscal Data`，總計 100+ 資料庫。多資料庫套件：`BioServices` (~40 生物資訊服務)、`BioPython` (38 NCBI 子資料庫經 Entrez)、`gget` (20+ 基因組資料庫)。70+ Python 套件技能（`RDKit`、`Scanpy`、`PyTorch Lightning`、`scikit-learn`、`BioPython`、`pyzotero`、`BioServices`、`PennyLane`、`Qiskit`、`OpenMM`、`MDAnalysis`、`scVelo`、`TimesFM` 等，含文件、範例、最佳實務）；9 科學整合（`Benchling`、`DNAnexus`、`LatchBio`、`OMERO`、`Protocols.io`、`Open Notebook`）；30+ 分析溝通工具；10+ 研究臨床工具。基礎設施：雲端（`Modal`）；GPU（`CuPy`、`Numba CUDA`、`Warp`、`cuDF`、`cuML`、`cuGraph`、`KvikIO`、`cuCIM`、`cuxfilter`、`cuVS`、`cuSpatial`、`RAFT`）；平台（`DNAnexus`、`LatchBio`、`Opentrons`）。

**安裝與使用**
**Prerequisites**：Python 3.11+（3.12+ 推薦）；`uv` 套件管理器；支援 [Agent Skills](https://agentskills.io/) 的 client（如 Cursor、Claude Code）；macOS/Linux/Windows with WSL2。
安裝 `uv`：
- **macOS and Linux**：
  ```bash
  curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
  ```
- **Windows**：
  ```powershell
  powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
  ```
- **Alternative**：
  ```bash
  pip install uv
  ```
驗證：`uv --version`。更多見 [official uv documentation](https://docs.astral.sh/uv/)。

安裝 skills：
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills
```
Agent 自動發現，可手動呼叫技能名稱。完整細節見 `docs/scientific-skills.md`、`docs/examples.md`。

**快速範例**
安裝後 Agent 可執行多步驟流程，示例如下（多數可在 [K-Dense Web](https://k-dense.ai) 免費試用，含雲端 GPU）。
- **🧪 Drug Discovery**：肺癌 EGFR 抑制劑（IC50 < 50nM），Query ChEMBL、RDKit SAR、datamol analogs、DiffDock vs AlphaFold EGFR、PubMed resistance、COSMIC mutations、可視化。Skills: ChEMBL, RDKit, datamol, DiffDock, AlphaFold DB, PubMed, COSMIC。
- **🔬 Single-Cell RNA-seq**：10X Genomics + Cellxgene Census，Scanpy QC/doublet、NCBI Gene markers、PyDESeq2 DE、Arboreto GRN、Reactome/KEGG、Open Targets。Skills: Scanpy, Cellxgene Census, NCBI Gene, PyDESeq2, Arboreto, Reactome, KEGG, Open Targets。
- **🧬 Multi-Omics**：RNA-seq + proteomics + metabolomics，PyDESeq2、pyOpenMS、HMDB/Metabolomics Workbench、UniProt/KEGG、STRING、statsmodels、scikit-learn、ClinicalTrials.gov。Skills: PyDESeq2, pyOpenMS, HMDB, Metabolomics Workbench, UniProt, KEGG, STRING, statsmodels, scikit-learn, ClinicalTrials.gov。
- **🎯 Virtual Screening**：allosteric modulators（MW 300-500, logP 2-4），AlphaFold、BioPython、ZINC、RDKit filter、DiffDock、DeepChem rank、PubChem、USPTO、MedChem/molfeat。Skills: AlphaFold DB, BioPython, ZINC, RDKit, DiffDock, DeepChem, PubChem, USPTO, MedChem, molfeat。
- **🏥 Clinical Variant**：VCF 遺傳癌症，pysam、Ensembl VEP、ClinVar、COSMIC、NCBI Gene、UniProt、PubMed、ClinPGx、Document Skills、ClinicalTrials.gov。Skills: pysam, Ensembl, ClinVar, COSMIC, NCBI Gene, UniProt, PubMed, ClinPGx, Document Skills, ClinicalTrials.gov。
- **🌐 Systems Biology**：RNA-seq GRN，NCBI Gene、UniProt、STRING、Reactome/KEGG、Torch Geometric、Arboreto、Open Targets、PyMC、GEO。Skills: NCBI Gene, UniProt, STRING, Reactome, KEGG, Torch Geometric, Arboreto, Open Targets, PyMC, GEO。

**K-Dense Web 優勢**
解決本地 GPU 缺、環境配置浪費、多步 pipeline 需讀 docs 等痛點，提供 zero setup、200+ skills、雲端 GPU、publication-ready 輸出、lab 系統整合。比較：
| Feature | This Repo | K-Dense Web |
|---------|-----------|-------------|
| Scientific Skills | 134 skills | **200+ skills** (exclusive access) |
| Setup | Manual installation | **Zero setup, works instantly** |
| Compute | Your machine | **Cloud GPUs and HPC included** |
| Workflows | Prompt and code | **End-to-end research pipelines** |
| Outputs | Code and analysis | **Publication-ready figures, reports, and papers** |
| Integrations | Local tools | **Lab systems, ELNs, and cloud storage** |

引述：「K-Dense Web 讓我從原始定序資料到草稿圖表只需一下午。過去三天空環境與腳本現在直接運作。」— 計算生物學家，藥物發現。**$50 免費 credits**，無信用卡。[Try [K-Dense Web free](https://k-dense.ai)](https://k-dense.ai)；[full comparison](https://k-dense.ai/blog/k-dense-web-vs-scientific-agent-skills)。

**安全與審核**
Skills 可執行程式碼、安裝套件、網路請求、改檔案，惡意者可能有害。K-Dense 創作經內部審核，社群貢獻盡力掃描，使用 [Cisco AI Defense Skill Scanner](https://github.com/cisco-ai-defense/skill-scanner) 偵測 prompt injection、資料外洩、惡意碼，但小團隊無法保證全面。**使用者須自行審核**，建議勿全裝，先讀 `SKILL.md` 查套件與服務，本地掃描：
```bash
uv pip install cisco-ai-skill-scanner
skill-scanner scan /path/to/skill --use-behavioral
```
可疑請 [open an issue](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/issues)。

**貢獻與支援**
1. Fork repository。
2. `git checkout -b feature/amazing-skill` 建分支。
3. 遵循目錄結構與文件模式。
4. 新 skill 含完整 `SKILL.md`。
5. 測試範例。
6. `git commit -m 'Add amazing skill'`。
7. `git push origin feature/amazing-skill`。
8. Submit pull request。

遵守 [Agent Skills Specification](https://agentskills.io/specification)，掃描前 PR 執行上述 scanner。支援：⭐ GitHub stars、💰 Sponsors/NumFOCUS、📝 論文引用、`docs/open-source-sponsors.md` 清單。疑難：技能未載入驗證 `Getting Started` 目錄、`SKILL.md`、重啟 agent；依賴用 `uv pip install package-name`；API 限速查文件用快取。FAQ：MIT 授權但各 skill `SKILL.md` `license` 欄位獨立，商業用須審查；打包利跨領域橋接；相容任何 [Agent Skills](https://agentskills.io/) agent；僅裝需套件；離線限 package skills。回報：[開 issue](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/issues)；社群 [加入 Slack](https://join.slack.com/t/k-densecommunity/shared_invite/zt-3iajtyls1-EwmkwIZk0g_o74311Tkf5g)；企業聯絡 [K-Dense](https://k-dense.ai/)。

**引用與授權**
BibTeX：
```bibtex
@software{scientific_agent_skills_2026,
  author = {{K-Dense Inc.}},
  title = {Scientific Agent Skills: A Comprehensive Collection of Scientific Tools for AI Agents},
  year = {2026},
  url = {https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills},
  note = {134 skills covering databases, packages, integrations, and analysis tools}
}
```
APA：K-Dense Inc. (2026). Scientific Agent Skills [Computer software]. [https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills)。MIT License，Copyright © 2026 [K-Dense Inc.](https://k-dense.ai/)，見 `LICENSE.md`；個別 skill 授權獨立，**使用者負責遵守**。Star History：[https://www.star-history.com/#K-Dense-AI/scientific-agent-skills&type=date&legend=top-left](https://www.star-history.com/#K-Dense-AI/scientific-agent-skills&type=date&legend=top-left)。

## 標籤

Skills, Agent, 開源專案, Scientific Agent Skills, Cursor, Claude